Chùa Hương có lịch sử từ thế kỷ 15, được xây dựng với quy mô chính vào khoảng cuối thế kỷ 17, sau đó bị hủy hoại trong chiến tranh Đông Dương năm 1947 rồi được phục dựng lại từ năm 1989 bởi Hòa thượng Thích Viên Thành dưới sự chỉ dạy của cố Hòa thượng Thích Thanh Chân.

Khi xưa vua Lê Thánh Tông đi tuần thú qua đây lần thứ 2 vào tháng giêng năm Đinh hợi, niên hiệu Quang thuận thứ 8 (1467) đã đóng quân nghỉ lại ở thung lũng này và cho quân lính thổi cơm ăn, vua xem thiên văn thấy vùng này lâm vào địa phận của sao Thiên Trù, (một sao chủ về sự ăn uống và biến động) nên nhân đấy đặt tên là chùa Thiên Trù.

Ba vị Hòa thượng đời vua Lê Thánh Tông (1442 – 1497) đã tìm thấy động Hương Tích và dựng lên thảo am Thiên Trù. Kể từ đó động Hương Tích được gọi là chùa trong, Thiên Trù gọi là chùa ngoài, rồi người ta lấy tên chung cho hai nơi và cả khu vực là chùa Hương hay “Hương Thiên Bảo Sái”.

Chùa Hương là điểm đến có bề dày lịch sử từ lâu đời

Sau thời kỳ ba vị Hòa thượng khai sáng, chùa Thiên Trù chùa Hương gián đoạn trụ trì, mãi tới niên hiệu Chính Hòa năm thứ bảy 1686 của thời vua Lê Trung Hưng. Hòa thượng Trần Đạo Viên Quang, (tương truyền cũng là một quan chức trong triều đình đã treo ấn từ quan để đi tu) mới lại tiếp tục công việc tạo dựng.

Trải qua nhiều đời chư Tổ gây dựng, đến  nửa đầu thế kỷ 20, nơi đây được khách thập phương ngợi ca ví như tòa lâu đài tráng lệ “Biệt chiếm nhất Nam thiên”. Nhưng đáng tiếc ngày 11 tháng 2 năm Đinh Hợi 1947, thực dân Pháp đưa quân vào đây đốt phá, biến Thiên Trù thành đống gạch vụn tro tàn. Năm 1948, giặc lại vào đốt phá lần nữa, rồi năm 1950 quân Pháp lại cho máy bay thả bom khiến cho cao chất ngất mấy tòa cổ sái của Thiên Trù bị san phẳng. Dấu vết xưa của Thiên Trù hiện nay chỉ còn lại vườn Tháp, trong đó có Bảo Tháp Viên Công, một công trình nghệ thuật đất nung của thế kỷ thứ 17 và cây Thiên Thủy Tháp.

Kiến trúc Chùa Hương vẫn lưu giữ được nét cổ kính vốn có

Năm 1951, Hoà thượng Thanh Chân đã cho dựng lên từ đống tro tàn đổ nát 6 gian nhà tranh đề có nơi tu hành và nhang khói. Vào năm 1989, dưới sự trụ trì của cố Thượng tọa Thích Viên Thành, Ban xây dựng Chùa Hương đã khởi công tái thiết lại chùa Thiên Trù đến năm 1991 thì khánh thành. Năm 1994, cổng Nam Thiên Môn cũng được hoàn thành, đứng sừng sững giữa núi rừng Hương Sơn. Những năm sau này, tiếp nối Tông phong Hương Tích, Thượng tọa Thích Minh Hiền - trụ trì đời thứ 12- mở mang xây dựng thêm nhiều công trình mới, để đến ngày nay, chúng ta đến đây được chiêm ngưỡng quần thể kiến trúc nguy nga, hoành tráng, rất đẹp.